学术研究机构在选择和应用知网查重原理时，首先要了解知网查重的基本原理。知网查重是通过将待查文档与知网数据库中的文献进行比对，识别文档中的重复内容。在选择查重原理时，应考虑知网的数据库覆盖率、查重精度和稳定性。在应用时，建议机构定期进行查重操作，确保研究成果的原创性和学术道德。

除了基本原理外，学术研究机构在选择和应用知网查重原理时还需注意数据安全和隐私保护。在选择查重服务提供商时，应优先考虑具有良好口碑和严格保密制度的机构，以保障研究成果的安全性。此外，机构还应建立内部查重管理制度，规范研究人员的查重行为，避免知识盗用和学术不端行为的发生。